Университетская клиника была создана на базе комплекса зданий военного госпиталя на ул. К. Маркса, 46. Как сообщил в июне на пресс-конференции ректор КФУ Ильшат Гафуров, госпиталь являлся объектом федеральной собственности. До последнего времени он находился в управлении Казанского государственного медицинского университета. Для того, чтобы Федеральный фонд передал это имущество университету, нужно было решение учредителя медуниверситета — минздрава России и согласие учредителя Казанского университета — минобразования России. Все этапы передачи здания проходили через Росимущество.
Декан лечебного факультета КГМУ Андрей Зефиров и ректор КГМУ Алексей Созинов посетовали в беседе с журналистам, что КГМУ с 2011 года не может получить обратно «университетские клиники». «Если бы наше республиканское руководство, минздрав РТ, могли бы ускорить эти процессы, мы могли бы очень значительно продвинуться вперед. Этот вопрос до того вязко решается, что нам всем очень обидно», — сказал Зефиров.
«В 2011 году мы сформулировали предложение о передаче клиник в федеральную собственность с оперативным управлением КГМУ. Обращение было сделано президентом Татарстана. Нас в Казани все поддержали», — сказал Созинов. Однако передать клиники в собственность минздрава России отказывается республиканский минздрав. Созинов пояснил, что для татарстанского министерства это стало бы «дополнительным финансовым бременем». А КГМУ клиники нужны, чтобы «сохранить исторические приоритеты и справедливость».
О передаче комплекса военного госпиталя КФУ официально объявили 11 августа 2016 года. В августе 2016 года Гафуров прокомментировал мнения о присоединении военного госпиталя к КФУ следующим образом: «Я думаю, найдется достаточно много людей, которые будут делать нам замечания, критиковать, поскольку все, что мы делаем, всегда сопровождается определенным, иногда пулом критики».
Здания госпиталя в управление вуза передало Росимущество по РТ. В ближайшее время КФУ намерен начать работы по благоустройству фасадов, прилегающих территорий, а также подготовить помещения к размещению в них Института фундаментальной медицины и биологии КФУ.
Комплекс военного госпиталя состоит из трех зданий. В первом корпусе разместят центр стоматологии и имплантологии. Во втором — учебно-медицинский центр. Там разместятся центры мужского здоровья, трихологии, консультативный центр. Появится отделение эстетической медицины, аллергологии и иммунологии. Разместятся учебная аптека, кафедры биоэкологии и фармакологии, а также студсовет и два музея: военного госпиталя и истории медицины в Императорском казанском университете. В третьем корпусе разместят ВЕТЛАБ симуляционного центра, где студенты будут изучать хирургию и проводить реальные операции.
В зданиях военного госпиталя предстоит провести масштабный ремонт. В КФУ обещают: исторический облик зданий будет сохранен. Объект является архитектурным памятником. Основан госпиталь был в 1809 году. На восстановление зданий потратят 370−420 миллионов рублей. «Мы будем согласовывать и разрабатывать проект совместно с «Татгражданинвестпроектом». Скорее всего, они будут смотреть наши проектные работы», — сказал Гафуров.
Первый заместитель министра здравоохранения РТ Сергей Осипов рассказал Inkazan о том, что в 2015 году на баланс КФУ передали 24 медицинских учреждения. Это поликлиника №2, на базе которой университет создает «Дружелюбную поликлинику» для населения. Казанский федеральный университет ведет ремонтные работы в хирургических отделения бывших зданий БСМП №6, БСМП №2. В кардиологическом отделении РКБ-2 ремонт уже завершили.
Министр здравоохранения РТ Адель Вафин сообщил журналисту Inkazan, что для министерства первоочередной задачей являлось создание новой Университетской клиники. Передача комплекса зданий военного госпиталя на баланс КФУ, а не КГМУ связана с тем, что КФУ включен в федеральную целевую программу «Развитие фармацевтической и медицинской промышленности РФ» до 2020 года. Данная программа позволит создать клинику значительно быстрее, считает Вафин.