Министерство будет вести реестр резидентов ОЭЗ, осуществлять контроль за исполнением соглашений и выполнять функции государственного заказчика.
В июне 2016 года правительство России передало управление ОЭЗ «Алабуга» и «Иннополис» Татарстану. Курировать привлечение резидентов в особую ОЭЗ «Иннополис» будет министр информатизации и связи республики Роман Шайхутдинов.
Шайхутдинов является человеком министра связи России Николая Никифорова и пользуется поддержкой федерального центра.