За 2016 год пассажиропоток вырос на 4%, достигнув показателя в 380 997 человек. При этом, грузооборот «Бегишево» увеличился на 355 и составил 500 333 кг.
По данным пресс-службы аэропорта, спад на зарубежные курорты «Бегишево» компенсировало за счет летней программы полетов на юг России, в которую включалось до 12 рейсов в неделю. Наибольший пассажиропоток за 2016 год аэропорт зафиксировал в Москву (310 157 пассажиров), Стамбул (22 026 пассажиров) и Сочи (11 260 пассажиров).