Согласно сайту министерства, сейчас у руководителя ведомства 6 заместителей: Андрей Поминов, Ильсур Хадиуллин, Лариса Сулима, Тимирхан Алишев, Азат Шарапов и Гульнара Габдрахманова (она же представитель Рособрнадзора).
Поминов работает первым замом в минобре 10 лет. Хадиуллина назначили недавно - в январе 2018 года. В конце декабря на работу в минобр пришел давший соратник Бурганова Шарапов, сменив Павла Фролова. Вскоре после назначения Бурганова уволился по собственному желанию Ильдар Мухаметов, курировавший национальное образование.