В ходе аудита Счетная палата проанализировала, насколько эффективно Академия наук республики израсходовала выделенную из бюджета сумму в 1,9 миллиард рублей. Рассматривались 2014-2016 годы и истекший период 2017 года.
Среди нарушений отмечено, что академия необоснованно включила НДС в стоимость договоров по изготовлению макета книги и проведение археологического конгресса. На это был излишне потрачено 1,1 миллион рублей. Также выяснилось, что в учреждении нет разработанных нормативов по стоимости работ, выполняемых академией.
Однако наибольшие нарекания вызвали нарушения и недостатки в распоряжении госсобственность, которые составили 4,5 миллионов рублей. Так, Центром исламоведческих исследований невостребованной осталось система для проведения видеоконференций. Ранее ее приобрели для заведения за 200 тысяч рублей. На складе академии хранятся оказавшиеся ненужными научные труды на сумму 120 тысяч рублей. Институт археологии не воспользовался жилым домом в Болгаре, на который было потрачено 700 тысяч рублей.
Также в ходе аудита обнаружились нарушения при проведении госзакупок. Так, ООО «Астер» и «Издат-Принт» нарушили условия договоров на издание 2 книг общей стоимостью 2,5 миллиона рублей. Атлас и учебник про Болгар должны были изготовить еще в 2016 году. Однако книги поставили только в ходе проверки.