Защита обвиняемого настаивает, что следователи сначала должны были отменить «оправдывающее» Гафурова постановление прокуратуры Набережных Челнов. Его в 2002 году подписал Азат Зиятдинов, который согласился, что экс-ректор непричастен к подготовке покушения на убийство елабужского бизнесмена Айдара Исрафилова. Якобы в его действиях не было состава преступления.
Однако бумагу не признали утратившей силу. Этим аппелировала адвокат Гафурова, когда настаивала, что уголовное преследование и 14-месячное содержание в СИЗО незаконные.
Однако Московский городской суд не принял доводы защиты. Экс-ректора все еще обвиняют в связи с убийством татарстанского бизнесмена в 1999 году. Гафуров свою вину отрицает.
Сейчас вместо него вузом руководит экс-министр транспорта и дорожного хозяйства Татарстана Ленар Сафин. После этого в образовательной организации произошло уже множество кадровых перестановок.