В отношении Мухутдинова возбудили дело по статье о сокрытии денег и имущества, за счет которых должно производиться взыскание недоимки по налогам, сборам, страховым взносам. В 2018 году он скрыл 5 миллионов рублей с помощью счетов третьих лиц при наличии недоимки по налогам, сборам, страховым взносам и принятых решений о взыскании.
В ходе следствия Мухутдинов полностью признал свою вину и погасил задолженность. Уголовное дело направили в суд для рассмотрения по существу.
Ранее его оштрафовали за 120-миллионную задолженность по зарплате. Долг выплатили работникам предприятия. В 2018 году в нарушение коллективного договора и установленных трудовым законодательством норм порядок и сроки выплаты заработной платы работникам «Татфлота» не соблюдались. Обвиняемый умышленно скрывал прибыль компании.